神木分局机关内设9个科室和2个下属单位，分别是办公室、整改办、大气科、水科、土壤科、减排办、固废科、环评科、财务科；下属两个事业单位，生态环境保护综合执法大队和环境监测站，执法大队为副科级建制，监测站为正科建制，全部为财政全额预算。
